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化石凡間依據生物所屬的分類的分歧，而辨別被稱為古無脊椎動物化石、古脊椎動物化石、古植物化石，及按分歧生物門類而統稱的如珊瑚化石、龜鱉化石、松柏化石等。還，還依據生物個別巨細的分歧，將能用于研討的化石叫大化石，如腕足動物、三葉蟲、高級植物、脊椎動物等的化石；但關于這些生物的微細結構進行研討時依然要運用顯微鏡，如珊瑚化石和具介殼動物的殼的結構等。關于必需應用顯微鏡才干進行察看和研討的細小的化石，稱為微體化石，若有孔蟲、介形蟲、硅藻等。某些大生物的細小局部如輪藻的藏卵器，植物的孢子、花粉，蟲牙（蟲顎）、牙形石等，甚至小的魚鱗、魚牙等也常屬于微體化石。
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