內吸性殺菌劑能被植物葉、莖、根、種子吸收進入植物體內，經植物體液輸導、擴散、存留或產生代謝物，可防治一些深入到植物體內或種子胚乳內病害，以保護作物不受病原物的浸染或對已感病的植物進行治療，因此具有治療和保護作用。
、非內吸性殺菌劑指藥劑不能被植物內吸并傳導、存留。目前，大多數品種都是非內吸性的殺菌劑，此類藥劑不易使病原物產生抗藥性，比較經濟，但大多數只具有保護作用。
不能防治深入植物體內的病害。如霜霉威、硫酸銅、多果定、百菌清、綠乳銅、表面活性劑、增效劑、硫合劑、草木灰、波爾多液、代森錳鋅、福美雙、百菌清等。此外，殺菌劑還可根據使用方法分類，如種子處理劑。
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