GPC色譜柱的清洗過程跟重生過程不一樣，如果僅僅是洗前次進樣的殘留，可以根據流動相的比例組成沖洗一段時間（如果含緩沖鹽的話，直接用水相代替原先含鹽的水相即可），一般沖洗20個柱體積。然后在過渡到封柱比例的溶液即可。GPC色譜柱沖洗的問題。我來談談我自己的一點意見，主要針對的反向GPC色譜柱而講的。
1.一般情況都是沖洗GPC色譜柱20倍柱體積，具體可以這樣計算，根據柱內徑和柱長算出GPC色譜柱內體積。短柱一般時間就是30分鐘就可以了啊！流速是1.0毫升每分鐘。
2.沖洗GPC色譜柱最好在分析結束后，用流動相沖洗到基線平穩，然后用10%左右的有機溶劑沖洗GPC色譜柱，主要是沖洗干凈流動相中的緩沖鹽。然后用100有機溶劑沖洗。最好是梯度變化沖洗。分析物可能為一些能溶解在水中，有些需要用純溶劑才能完全去除。如果分析時間緊迫一定要把鹽分沖洗干凈，一般情況不要用純水沖洗GPC色譜柱，特別是反向柱的填料的鍵合集團容易折斷，對GPC色譜柱造成損傷。
3.GPC色譜柱被使用在某種程度上就是開始被污染了，所以GPC色譜柱的壽命和我們使用的情況有很大的關系。雖然被污染但是對我們分析目標物沒有造成影響我們也就是認為還能用。
4.前面談到的不管用什么溶劑一定要加入一定比例的用機溶劑，主要是考慮到一些疏水基團在有機溶劑里面容易伸展利于沖洗其包藏的雜質等。當我們的GPC色譜柱在壓力和柱效下降時，我可以拆開泵近端柱頭的螺絲取出篩板，清洗篩板以及觀察里面的填料，如填料污染嚴重，就要進行挖取一部分被污染的填料然后用其他廢棄的柱子相同填料來填補，用新的篩板或清洗好的篩板擰好螺絲。然后沖洗觀察柱壓變化和測試柱效等。
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