這是最常見的過濾方法，大多數制品缸配套的是這種過濾方法。在魚缸頂部接近燈管方位有一過濾槽，在過濾槽內能夠放置過濾棉、活性炭、玻璃環等，潛水泵將水抽入過濾槽，再由過濾槽底部的出水口流回到水族箱內。上部過濾器的最大長處是清潔便利，當過濾資料很臟時，能夠很便利地取出進行清潔。最大的缺陷是因空間所限，過濾槽的容積小，放的濾材較少，因此過濾功用較弱。上部過濾體系不適用于種植水草，水流會削減水族箱中二氧化碳的停留時間，一起過濾器的水流還會將空氣中的氧氣很多帶入水中，水中容氧量添加，會使喜愛氧氣的藻類很多生長，影響水族箱的欣賞作用。