微生物檢驗一層，主要用于病毒檢測和微生物儀器室。包括有P2實驗室、分子生物學檢測及研究室、生化實驗室、電鏡室、微生物自動檢測及藥敏分析室、HIV初篩實驗室、清潔消毒室、生物實驗室等。
微生物檢驗二層，主要用于常規衛生檢測和門診體檢部分樣品的檢測。包括有100級凈化工作室、1000級凈化工作室、常規微生物檢測無菌室、腸道致病菌檢測室、培養基配制及器械準備室、培養基及消毒器械保管庫、器械清洗煮消室、器械及培養基滅菌室等。
理化檢驗層，主要用于理化檢測。包括有理化常規操作室、紫外分光光度計室、原子吸收分光光度計室、電感耦合等離子體質譜室、液相色譜室、氣相色譜及氣相質譜室、天平室、樣品濕式消化室、樣品處理室、氣庫等。