除上述主要離子外，天然地下水還含有微量元素（包括鐵、錳、砷、氟、碘等）。一般條件下，這些微量成分由于含量低，不會對人體健康造成負面影響。少數情況下，天然地下水也會含有濃度相對較高的微量元素，高含量鐵、錳、氟及砷對地下水水質具有一定的影響。例如，我國華北、西北、東北和黃淮海平原地區，高氟水主要存在于干旱和半干旱地區的淺層或深層地下水中，當地層中有高氟礦物（如螢石）或高氟基巖時，地下水的含氟量就比較高。再比如，我國自20世紀80年代初在新疆發現地砷病以來，又先后在內蒙古、山西、吉林等12個省（區）發現地砷病病區（長期飲用高砷含量地下水的居民就容易罹患飲水型地方性砷中毒，簡稱地砷病）。這些地區地下水中砷超標并不是工業化過程中污染導致的，大部分主要是地下含水層巖石向地下水水井滲析出自然環境中的無機砷造成的。對于這些問題，我們目前已有較為成熟的技術處理，只要采取適當措施，不會對飲用水水質無隱患造成威脅。