退運貨物的處理相對來講比較繁瑣，需要根據貨物的不同情況來選擇具體的退運方式
第一種方式：一般貿易進口
如果貨物出口時按照正常的報關報檢程序出口，則一般進口進可以按照一般貿易進口的方式進來。具體又分為三種情況：
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情況一、已辦理退稅，退關退貨的處理
出口企業出口的貨物發生相關退關退貨后，出口企業必須向所在地主管出口退稅的稅務機關辦理申報手續，補繳已退（免）的稅款，如果退運的貨物已經申報辦理退稅的，并分別依以下情況予以處理：
1）如出口企業將退關退運貨物加工整理，更換相同規格型號的貨物重新出口，或將退運貨物退給供貨企業不再出口的，出口企業應持有關憑證其主管退稅的稅務機關申請辦理“出口商品退運已補稅證明”及“進貨退出及索取折讓證明單”“（以簡稱“證明單”），出口企業或供貨企業憑證明單沖減當期銷售收入和銷項稅額。
2）出口企業將退關退運的貨物轉為內銷的，應持有關憑證到其主管退稅稅務機關辦理“出口轉內銷證明單”，作為其內銷時進項抵扣憑證。


情況二、已申報、未辦理退稅、退關退貨的處理
出口企業將購進貨物的專用（抵扣聯）報關給主管出口退稅稅務機關后，貨物發生退貨而轉作內銷或部分內銷的，企業須向主管出口退稅的稅務機關申請辦理“出口商品退運已補稅證明”，其應退稅款在退稅總額中予以扣除或比照已稅稅務補交稅款（已申報資料正常辦理退稅）。同時，外貿出口企業還應填列“出口貨物轉內銷證明”，經主管出口退稅稅務機關簽章后，作為內銷時抵扣進項稅額的憑證，企業申報的專用（稅款抵扣聯）留存稅機關。
情況三、未申報退稅，退關退貨的處理深對出口企業尚未申報退稅卻已發生退關退貨并轉作內銷的，由于有關原始單據在企業，由出口企業提出書面申請并提供有關原始單據，經主管稅務機關審核后，在書面申請報告及原始單據上簽注“未辦理退稅證明”


第二種方式：快遞進口
如果貨物出口時是通過買單或者委托其他進出口公司出口，退運時通常可以考慮快遞進口的方式。這樣手續簡單，而且時間上比較短，一般當天上午申報，下午即可放行到貨。

第三種方式：退運返修貨物進深圳出口加工區辦理退運加工復出口

由于保稅區具有“境內關外”的政策，從國外退運的貨物退到保稅區還等于貨物留在國外，還沒有進入國內海關所管轄的范圍，無需向海關申請退運的貨物。

1、手續簡便。無須辦理復雜的退運手續，無需向海關申請退運貨物， 無需交納保證金。
2、交通便利。一號通道連接香港與深圳出口加工區保稅區，在時間和成本上大大節約，特別從香港碼頭提貨到深圳出口加工區保稅區只需3個小時左右。維修成本是香港三分之一。
3、無負面影響。因檢測維修服務是海關及政府為了切實解決企業物流問題而特殊批準的，而且加工地點是保稅區域和一般區域是隔離開的，故此在稅務、工商、外匯等環節都省略了，不存在負面影響。
將貨物退運到保稅區進行退運返修維修的優勢：無須辦理復雜的退運手續，無需向海關
申請退運貨物，無需交納保證金，無須申報進出口關。
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