木瓜蛋白酶是采用生物工程技術從番木瓜植物未成熟的果實中提煉而得的純天然生物酶制品，它是由212個氨基酸組成，分子量為21000，屬于含巰基（—SH）肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的酶解能力，同時還具有合成的能力，可把蛋白質水解物再合成蛋白質類物質，這種能力可用來改善動植物蛋白的營養價值或功能性質。
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