有機肥近年來，我國微生物肥料產業取得了快速穩定的發展，但也存在整體水平低，技術創新不足等問題，在功能機理、優良菌種、高效優質產品及相關應用的關鍵技術上仍未有重大突破，這些都是影響行業發展的瓶頸難題。在眾多技術方案中，根際微生物與植物的關系不容忽視。根際是一個獨特的環境，是受植物根系和根系分泌物直接影響的薄層土壤，植物和土壤微生物在這里發生著廣泛復雜的相互作用。農業發展呼喚微生物肥料。土壤是作物賴以生長的基地，而作物所需的營養元素主要是依靠土壤中生活的、每克土以億計的微生物的作用。然而，目前的土壤問題讓人擔憂。在糧食十一連增的背后，化肥、農藥的使用量不斷提升，牲畜糞便、秸稈等廢棄物也大量增加，已造成了農村和農田的廣泛面源污染和土壤肥力下降等嚴重問題，惡化了生態和城鄉人民的生活環境。中國農業在未來發展中面臨著既要保持高產，又要減少面源污染之時，迫切需要可行的技術方案來降低農業生產中對化肥、農藥的依賴，提高其使用效率。而如何提高其使用效率？在此種情況下，發展新型肥料，增強土壤活力，以可持續提高作物產量顯得尤為重要。農業部微生物產品質量安全評估實驗室和農業部微生物肥料質檢中心主任李俊曾向記者介紹過，微生物肥料已成為植物營養與肥料中的重要組成部分，在提高養分轉化利用率、維護植物健康成長、增產提質和保證可持續生產能力等方面具有不可替代的作用。近年來，我國微生物肥料增長速度比較快，“每年有20%的增長，但總量還是偏小，不到肥料總量的3%。”有機肥：主要指各種動物和植物等，經過一定時期發酵腐熟后形成的肥料（其中包括經過加工的菜籽餅，是沒有異味的）。有機肥含有大量生物物質、動植物殘體、排泄物、生物廢物等物質、施用有機肥料不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分來源。堆肥以各類桔稈、落葉、青草、動植物殘體、人畜糞便為原料，與少量泥土混合堆積而成的一種有機肥料。漚肥漚肥所用原料與堆肥基本相同，只是在淹水條件下進行發酵而成。廄肥指豬、牛、馬、羊、雞、鴨等畜禽的糞尿與秸稈墊料堆漚制成的肥料。沼氣肥在密封的沼氣池中，有機物腐解產生沼氣后的副產物，包括沼氣液和殘渣。綠肥利用栽培或野生的綠色植物體作肥料。如豆科的綠豆、蠶豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等。非豆科綠肥有黑麥草、肥田蘿卜、小葵子、滿江紅、水葫蘆、水花生等。作物秸稈農作物秸稈是重要的有機肥之一，作物秸稈含有作物所必需的營養元素有N、P、K、 Ca、s等。在適宜條件下通過土壤微生物的作用，這些元素經過礦化再回到土壤中，為作物吸收利用。餅肥菜籽餅、棉籽餅、豆餅、芝麻餅、蓖麻餅、茶籽餅等。現在，隨著科學技術的不斷發展，通過有益菌群的人工純培養技術，采用科學的提煉，可以生產出多種多樣不同品種的生物有機肥，它能改善土質、減少環境污染、增肥增效等。生物有機肥將是未來農業生產用肥的主要發展趨勢