污水首先由進水口排到第一格，在第一格里比重較大的固體物及寄生蟲卵等物沉淀下來，利用池水中的厭氧細菌開始初步的發酵分解，經第一格處理過的污水可分為三層：糊狀糞皮、比較澄清的糞液、和固體狀的糞渣。 經過初步分解的糞液流入第二格，而漂浮在上面的糞皮和沉積在下面的糞渣則留在第一格繼續發酵。在第二格中，糞液繼續發酵分解，蟲卵繼續下沉，病原體逐漸死亡，糞液得到進一步無害化，產生的糞皮和糞渣厚度比第一格顯著減少。 流入第三格的糞液一般已經腐熟，其中病菌和寄生蟲卵已基本殺滅。第三格功能主要起暫時儲存沉淀已基本無害的糞液作用，最后，經過再次沉淀的糞液通過排水管流入市政管網。 四級化糞池則比三級化糞池多了一道發酵腐化的工序，工藝更細化，水質更干凈。