凈化工程通風與舒適性空調系統的通風設計要求不同，主要目的是提供安全、舒適的工作環境，減少人員暴露在危險空氣下的可能。通風主要解決的是工作環境對實驗人員的身體健康和勞動保護問題。
 凈化工程通風要求新風全部來自室外，然后100%排出室外，通風柜的排氣不在室內循環。生物凈化工程換氣要求每小時大于10次，物理實驗室每小時大于10次，實驗室無人時換氣可減少為6次。實驗室通風柜設計數量要足夠，并且不作為唯一的室內排風裝置，儀器室或產生危險物質的儀器上方設局部排風系統
凈化工程的補風一部分來自空調系統直接送入實驗室的新風，這部分新風根據實驗室排風量的變化而變化；另一部分通過空調系統送入非實驗室區域的走道、房間再通過實驗室的門縫補給。實驗室的負壓通過送、排風風量和送排風口的布置來實現，氣流組織從辦公、管理用房、內走道、到產生危險物質的實驗房間。通風柜的位置布置在遠離空氣流動、紊流大的地方，遠離行走區域和空氣新風區。