木瓜蛋白酶乳白色至微黃色粉末，具有木瓜特有的氣味,稍具有吸濕性。水解蛋白質能力強,但幾乎不能分解蛋白胨，易溶于水,,不溶于一般的有機溶劑,耐熱性強。 
可利用酶促反應，使食品大分子的蛋白質水解成小分子肽或氨基酸。用于水解動植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、餅干松化劑、面條穩定劑、啤酒飲料澄清劑、高級口服液、保健食品、醬油釀造及酒類發酵劑等。有效轉化蛋白質的利用，大大提高食品營養價值，降低成本。有利于人體的消化和吸收。 
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